Недостаточно настраивать только mysql. Нужно настроить еще и апач (httpd.conf") соответственно памяти сервера. Описывать почему не буду, кому интересно читайте документацию.
Настройте правильно MaxClients.
Для этого:
1 Узнайте сколько памяти "пожирает" один процесс
# ps -ylC httpd | awk '{x += $8;y += 1} END {print "Average Proccess Size (MB): "x/((y-1)*1024)}'
Пример для 1024 Мб: Для апача отдаем половину -512
Получаем следующие значения:
Average Proccess Size (MB): 21.5185
Получается, что в среднем один процесс Apache потребляет 21 МБ. Соответственно в отведенном объеме 512 МБ мы можем запустить 24 процесса. (512/21=24)
Исправим файл конфигурации под новое значение:
<IfModule mpm_prefork_module>
StartServers 3
MinSpareServers 3
MaxSpareServers 9
ServerLimit 256
MaxClients 24
MaxRequestsPerChild 3000
</IfModule>
Не 200 как там стоит по умолчанию. Остальные настройки как для памяти 1024.
После внесения изменений в файл конфигурации не забудьте перезагрузить Appache:
Должно помочь, если не поможет - добавить SWAP