Тоже думал об этом, но проверил на другом сервере, который подключен к другому провайдеру через этот FTP клиент на тех же настройках, то он передает на скорости 800 Килобайт/с - 3 Мегабайт/с. На другой сервер: 1 Мегабайт/с - 8 Мегабайт/с. При этом используется протокол sftp:// для подключения к этим двум серверам. Может по логам на сервере можно будет увидеть что-то подозрительное?
С другого провайдера нет пока возможности проверить. Еще есть вероятность, что роутер ограничивает скорость, но посмотрел настройки и ничего такого не нашел, QoS отключено в роутере, параметров MTU нет (роутер Asus RT-N66U).