Мы примерно так и делаем, но есть нюансы.
С того же IP, с которого на ваш сайт приходят вредоносные запросы, могут приходить посетители на другие сайты. Или сегодня IP может использоваться ботом, а завтра с него придет посетитель. Поэтому полностью блокируются запросы только с IP адресов, где мы с высокой долей вероятности уверены, что с этого адреса не поступает запросов от обычных посетителей. А если вредоносных запросов приходит много, но есть и посетители - вместо полной блокировки запросов при заходе на сайт проверяем поддержку javascript на клиенте (если запрос пришел от посетителя, он быстро пройдет проверку и попадет на сайт, а запрос от бота по факту будет заблокирован - он дойдет только до проверочной страницы). Это касается не только IP, которые блокировались mod_security, но и другой вредоносной активности - подбора паролей к админкам, сканирование установленной cms и т.д.
Кстати, по такой же технологии можно защитить определенные страницы сайта в разделе "Мои сайты / Защита от ботов" (метод защиты - "Проверка javascript").