Так как при обновлении Wordpress или при обновлении шаблона, нужно будет заново вручную прописывать мета-тег для поисковиков. © toxi
ИМХО, напрасные переживания, т.к. авторские/кастомные шаблоны обновляются архиредко (а если таки есть, то для этого существуют "дочерние темы"
Дочерние темы « WordPress Codex ). Плюс, меньше "неродных" файлов. Может это, конечно, паранойя.. но я уверен что чем меньше мусора лежит в папке CMS, тем лучше. :)